Also ein feuchter Teppich gehört definitiv nicht so! Du solltest also auf jeden Fall die Feuchtigkeit entfernen, die ganze Sache entrosten, und irgendwie vor neuem Wasser schützen - z.B. durch Stopfen.
Unabhängig davon sind mir derartige Bohrungen in den Schwellern aber nicht bekannt, und ich kann mir auch nicht vorstellen, daß ich die bisher immer übersehen haben soll. Sehr verdächtig...
Edit: Hatte das Bild irgendwie falsch gedeutet, es ist hier ja nicht der Schweller zu sehen, sondern wirklich direkt der Unterboden. Trotzdem gilt das oben gesagte, Rost und Feuchtigkeit solltest du möglichst umgehend bekämpfen!