Ich könnte mir vorstellen, dass der Getriebekabelbaum etwas anders ist - es ist ja ein anderes Getriebe drin. Das solltest du mal prüfen...
Ansonsten wird vielleicht das ein oder andere Steuergerät meckern wegen der unterschiedlichen VINs. Das ist aber erstmal kein Totalausfall.
Beim Plug-and-Play-Austausch der Steuergeräte sollten die Autos wenigstens gleichen Baujahrs sein, sonst hast du vermutlich sehr schnell ein Problem (z.B. LM und CCM vs. LCM). Da können Pins anders beleget sein etc. auch ohne dass da ein Facelift dazwischen liegt. Das hast du aber bestimmt schon berücksichtigt
Edit: Habe gerade gesehen, der Spender ist ein 10.95 und dein jetziger 02.95. Damit kommst du (genau wie ich übrigens) in den besagten Wechsel von LM & CCM auf LCM. Das wird unangenehm...