Hab gerade gleiches Problem mit den Emails von web.de per POP. Manche Email zieht das Apple Mail Programm einfach nicht runter und sie bleiben auf dem Server von web.de - bzw. ich kann Sie nur über 
 WEB.DE - E-Mail-Adresse kostenlos, FreeMail, Nachrichten & Services abrufen.
Vielleicht hier mal die Einstellungen überprüfen.
Grüße Philipp